เนื่องจากวัคซีนไข้เหลืองเป็นวัคซีนเชื้อเป็น ดังนั้นในคนที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่องไม่ว่าจากสาเหตุใดๆก็ตาม อาจจะปัญหาคือร่างกายไม่สามารถต่อสู้กับเชื้อไข้เหลืองในวัคซีนได้ ทำให้เกิดการติดเชื้อไข้เหลืองขึ้นมาได้จริงๆเหมือนกการติดเชื้อตามธรรมชาติ ซึ่งอาการมักจะรุนแรง และอาจเสียชีวิตได้
ดังนั้นผู้ที่ภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องไม่สามารถฉีดวัคซีนได้