วัคซีนที่มีใช้ในทางการแพทย์ในปัจจุบันมีความปลอดภัยสูงมาก มีโอกาสเกิดผลข้างเคียงน้อย และส่วนใหญ่ที่พบจะเป็นอาการไข้ อาการปวด เหมื่อย บริเวณที่ฉีดวัคซีน หรือ รู้สึกครั่นเนื้อครั้นตัว ซึ่งเป็นผลข้างเคียงที่ไม่รุนแรงและอาการเหล่านั้นจะหายได้เอง ส่วนการแพ้วัคซีนหรือเกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงพบได้น้อยมาก

ประสิทธิภาพของวัคซีนที่มีใช้อยู่ในปัจจุบัน อยู่ในเกณฑ์ดีมาก วัคซีนส่วนใหญ่จะการป้องกันโรคได้มากกว่า90% บางวัคซีนอาจมีประสิทธิภาพในป้องกันโรคได้สูงถึง 95-99% อย่างไรก็ตามยังไม่มีวัคซีนชนิดใด ที่มีประสิทธิภาพในป้องกันโรคได้ 100%