วัคซีนเป็นสารที่มีความปลอดภัยสูงมาก ผลข้างเคียงมีน้อย และส่วนใหญ่อาการจะไม่รุนแรงและหายได้เองใน 1-2 วัน เช่น ปวดบริเวณที่ฉีด มีไข้ มีผื่นขึ้นฯลฯ

อย่างไรก็ตาม มีภาวะฉุกเฉินสำคัญอย่างหนึ่งที่อาจเกิดได้หลังได้รับวัคซีน คือการแพ้วัคซีนอย่างรุนแรง ซึ่งเกิดจากร่างกายของผู้รับวัคซีนเกิดการตอบสนองผิดปกติต่อวัคซีน ทำให้เกิดอาการผื่นขึ้น หายใจลำบาก ความดันโลหิตตำ่ ชีพจรเร็ว ภาวะดังกล่าวจัดเป็นภาวะฉุกเฉินที่ต้องได้รับการรักษาอย่างรีบด่วน ส่วนใหญ่ผู้ป่วยจะแสดงอาการตั้งแต่ 5-10 นาทีแรกหลังได้รับวัคซีน ซึ่งถ้าได้รับการรักษาอย่างทันท่วงที ผู้ป่วยจะมีอาการดีขึ้นอย่างรวดเร็วและหายเป็นปกติได้

ภาวะการแพ้วัคซีนอย่างรุนแรงนี้ มีโอกาสเกิดขึ้นได้น้อยมาก อย่างไรก็ตามเพื่อความปลอดภัย ผู้รับวัคซีนทุกคนจึงต้องอยู่สังเกตอาการในโรงพยาบาลอย่างน้อย 30 นาที